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高企认定申请需要提供两类审计报告：
一类是认定期年度审计报告；
另一类是专项审计报告。
其中，年度审计报告又分为近一年财务会计报告、近二年财务会计报告、近三年财务会计审计报告；专项审计报告又分为近三个会计年度研究开发费用专项审计报告和近一个会计年度高新技术产品（服务）收入专项审计或鉴证报告。
年度审计是对企业的近三个会计年度的财务报表，包括资产的负债表、利润分配表、现金流量表、实际营收等报表，都是需要进行审计的。

什么是高新技术企业专项审计？
是指注册会计师，接受你向有关部门申请高企认定的申报委托，对其近三个会计年度的研究开发费用、结构明细表、近一年度高新技术产品收入明细表进行审计，并出具专项审计报告。
高新技术企业专项审计涉及研发费用的部分，主要是年度会计年度研发费用结构明细表，近三个会计年度研发开发费用汇总表，以及近三年研发开发费用总额占销售收入总额比例情况表，编制原则和方法，以及说明。

什么是专项申报报告？
对于高新技术企业认定申请具有特殊用途，表明注册会计师按照审计准则和《工作指引》规定执行高企认定专项审计业务，能够对申报企业的研究开发费用结构明细表和高新技术产品（服务）收入明细表不存在重大错报获取合理保证。

哪些情况下需要进行专项审计？
1、凡是向有关部门申请高企认定的企业都需要高企认定的专项审计
2、由于高企资格自颁发证书之日起有效期为三年，所以，有效期满前三个月内，企业应提出复审申请，不提出复审或者复审不合格的，高企资格到期后就会自动失效。

高新技术企业专项审计流程：
企业申请成为高新技术企业时，需要对高企进行专项审计，这就需要第三方机构出具高新技术企业专项审计报告。高企有专门的审计流程，一般是按照以下程序进行：
1、申请企业自主选择第三方审计机构委托业务；
2、审计代理公司与申请公司初步沟通后，了解并确定企业的审计目的和范围，再又审计公司对申请企业的审计风险进行专业评估；
3、评估通过后，双方签订正式的审计服务协议，明确审计费用，及双方的权利和责任，并进行初步数据交接；
4、审计代理公司应当成立专门的专项组，向受委托企业发放高企专项审计所需要的材料清单；
5、申请人应该根据资料清单准备相关审核材料；
6、审计代理公司工作组根据企业数据制定高企具体审计工作方案，为审计工作实施打下良好的基础；
7、需要与被审计企业确定现场审计时间，并出具审计通知书；
8、审核员进入现场审核企业提供资料，需要对期间发现的审核问题进行详细记录，形成审核工作底稿；
9、审核审计工作底稿，并在此基础上形成初步意见；
10、与被审计企业交换审计意见；
11、在双方一致同意的基础上为高新技术企业出具专项审计报告

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